interlaceの有無は周期的な雑音とは無関係だった。
一旦mp4にすると問題がなくなる。
ffmpeg -i input.ts -ss 32 -t 01;30:33 -vcodec copy -acodec copy -bsf:a aac_adtstoasc output.mp4
とch変換点で切りだしてmp4にすると問題がない。
これを
ffmpeg -i output.mp4 -vcodec libx264 -preset veryfast -s 1280x720 -acodec ac3 -ac 6 newout.mp4
とAVC化すると幸せになれる。